Le musée dispose de plusieurs salles, espaces thématiques et 40 vitrines où l´on exhibe et sont interprétées des roches, minéraux et fossiles récupérés dans la Vallée d´Oiartzun, ainsi que de très nombreux matériaux provenant de l´ensemble de la géographie basque.
De nombreux panneaux didactiques en langue basque, espagnole et française ont pour but d´informer les visiteurs à propos de l´origine et les principales caractéristiques de ces matériaux, ainsi que sur les endroits où ils ont été récupérés.
