Dans le musée sont exposées et mises en surveillance des collections de roches, minéraux et fossiles récupérés dans la contrée tout comme dans l´ensemble de la géographie basque. On conserve égalemet des matériaux géologiques et paléontologiques procédant de divers endroits de la planète. Ces collections se trouvent à la disposition des spécialistes ou des institutions désirant y accéder avec le but de son étude ou recherche.
Dans le musée sont conservés différents holotypes scientifiques.
