El museo cuenta con diferentes salas, espacios temáticos y 40 vitrinas donde se exhiben e interpretan rocas, minerales y fósiles recuperados en el Valle de Oiartzun, así como un gran número de materiales geológicos procedentes del conjunto de la geografía vasca.
Numerosos paneles didácticos, en euskera, castellano y francés, se encargan de informar a los visitantes sobre el origen y las características principales de estos materiales, así como los lugares donde han sido recuperados.
